La disposición de los andenes produce una gradiente de microclimas teniendo el centro de los andenes circulares una temperatura más alta y reduciéndose gradualmente hacia el exterior a temperaturas más bajas, pudiendo de esta forma simular hasta 20 diferentes tipos de microclimas. Lo microclimas de los andenes que rodean el embudo más grande (Qechuyoq) se distribuyen en sectores de cuatro niveles contiguos, cada sector con características micro climáticas propias. Los cuatro andenes inferiores que pertenecen al sector 1 son más húmedos y tienen temperaturas de suelo bajas debido a la mayor evapotranspiración del agua. Los suelos de los andenes del sector 2 tienen temperaturas anuales promedios de 2º a 3ºC mayores. Los suelos del sector 3 tienen temperaturas que pueden ser mayores o menores de acuerdo a la variación en la exposición solar en el curso de las estaciones del año. Los meses de mayor diferenciación micro climática son los de la estación seca (mayo, junio, julio) y la del sembrío (agosto, setiembre, octubre, noviembre). Se podían sembrar diversos tipos de productos, según estudios, en
Moray los incas consiguieron cultivar más de 250 tipos de vegetales. Pero algunos estudioso del Imperio Inca hablan de
Moray como un centro dedicado también a la observación astronómica y a la predicción de los fenómenos meteorológicos.
