La riqueza cultural de Choquequirao ha atraído la atención de investigadores e historiadores desde su descubrimiento formal a mediados del siglo XIX. Aunque el interés inicial ha sido el patrimonio cultural, debido a los impresionantes monumentos arqueológicos encontrados en la zona. Choquequirao es una de las pocas zonas que alberga nueve ecosistemas naturales, impresionantes paisajes dominados por el sistema montañoso, con fuertes pendientes. Choquequirao, con una superficie de 103.814,39 hectáreas, alberga una diversidad de ecosistemas silvestres, abarcando un gran rango altitudinal, que va desde los nevados (zona glaciar y periglacial) a más de 6000 metros, hasta el profundo valle del Apurímac. Río donde encontramos el bosque estacionalmente. interandino seco, pasando por los pastizales húmedos de puna y bosques húmedos montanos que también son conocidos como bosques nubosos. Todo este mosaico de ecosistemas conforma una muestra representativa de los Andes hacia su encuentro con la Amazonía, enmarcado en un gran y complejo sistema hidrográfico.
La gran ciudadela inca de Choquequirao fue construida durante el gobierno del Inca Pachakuteq, y posteriormente completada por sus descendientes. Cabe señalar que esta construcción fue desarrollada por grupos étnicos de la costa y norte del Perú. La ingeniería constructiva aplicada es una de las más sorprendentes, ya que es mucho más grande que Machu Picchu. Se estima que a la fecha sólo podemos apreciar menos del 30%. En estas tierras sagradas de clima cálido, el gobierno de Tupac Inca Yupanqui aproximadamente en 1470, todo este espacio había sido convertido en huertas de árboles frutales del Estado Inca. Para su producción y mantenimiento se ordenó trasladar una población de agricultores, especializados en la siembra y cuidado de árboles y plantas que el Inca tenía a su disposición.
Actualmente, la visita a las ruinas de Choquequirao se realiza mediante una caminata de ida y vuelta de 4 días, la cual fue calificada como una de las mejores rutas de trekking por la revista National Geographic. La caminata es muy exigente debido a las pendientes de sus montañas. La mejor temporada es desde principios de abril hasta noviembre. Si está interesado en rutas poco visitadas y grandes escenarios culturales del imperio Inca, este sitio es visita obligada para las personas que gustan de la historia y la arqueología.